Osnovni cilj Festivala znanosti - Sinj je promicanje znanja, izvrsnosti, inovativnosti i znanosti kao temeljnih vrijednosti za razvoj društva i gospodarstva u Hrvatskoj i uopće.

Prepoznali smo Sinj kao najbolje polazište za promicanje znanja kao temelja rada, života i uspjeha jer se tu, uslijed gospodarskog mrtvila i nemogućnosti zaposlenja bez obzira na kompetencije, počela razvijati beznadna društvena mikroklima u kojoj su mladi ljudi prestali cijeniti znanje i ulaganje u obrazovanje i počeli se miriti s "preživljavačkim" stilom života od dana do dana. Ciljana populacija je dječja, osnovnoškolska i srednjoškolska, koja će uskoro preuzeti breme europske Hrvatske u globalnom gospodarstvu pa upravo oni tijekom svog intelektualno-moralnog sazrijevanja trebaju usvojiti znanje kao temeljnu vrijednost budućnosti.

Pet je temeljnih načela i izvornih ideja koje FZS razlikuju od ostalih festivala znanosti i zbog kojih je i izrastao u nacionalni događaj:

     1. Svi gosti su ne samo vrhunski popularizatori, nego i vrhunski znanstvenici i vrhunski popularizatori

     2. Izravna interakcija između znanstvenika i djece tako da im znanstvenik u razredu održi sat iz predmeta u kojem je on stručnjak

     3. Predstavljanje barem jednog javnosti nepoznatog, a svjetski eminentnog hrvatskog znanstvenika svake godine

     4. Interaktivni znanstveni kviz za srednjoškolce s visokim nagradama (3000, 2000, 1000 kn) kao izravno promicanje uspjeha temeljena na znanju

     5. Promicanje primjene znanosti u gospodarstvu, organizacija susreta znanstvenika u primjeni s poduzetnicima koji žele ulagati u tehnologiju temeljenu na znanosti.